南平市第二医院坐落于南平市建阳区黄花山路10号，其前身为美国传教士苏雅各于1903 年在延平县（现南平市延平区）创办的士吡哩教会医院。1941年，士吡哩医院改称为“中华基督教南平卫理医院”。中华人民共和国成立后，医院由人民政府接管。1970年，地区行署机关由南平迁至建阳，原专区医院的人员、设备分散到全地区各县市。1971年10月，重建“建阳地区医院”，并从各地调回医疗骨干人员。1973年8月，医院迁驻建阳县黄花山，并正式开诊。1989年1月，地区行署复迁南平，医院改称“南平地区医院”。1994年，南平撤地建市。1995年9月，医院更名“南平市第二医院”。

在100多年的历史传承中，二院人始终不忘悬壶济世的宗旨，用自己的勤劳和智慧为闽北人民的健康保驾护航，现已成为集医疗、科研、教学、预防、保健、康复、急救和技术指导为一体的非营利性（地市级）二级甲等综合医院。医院占地面积4.6万平方米，建筑面积6.2万平方米，核定床位700张，实际开放床位688张。先后被确定为“国际紧急救援中心网络医院”、“福建省道路交通事故伤员救治定点医院”、“南平市医保定点医院”等。目前在岗人员866人，其中卫生专业技术人员742人，高级职称 137人，博士生导师1人，临床硕士研究生15人；福建省B类人才1人，福建省D类人才3人,福建省E类人才4人；享受国务院政府特殊津贴专家1人，南平市政府津贴6人，获南平名医、闽北名医称号4人。设党支部11个，共有党员185人。获福建省五一劳动奖状及省级文明单位称号。

医院设有心血管内科、神经内科、呼吸血液、肿瘤防治、胃肠疝外科、肝胆乳腺外科、骨科、泌尿外科、妇产科、儿科、体检中心、超声影像科、远程医疗会诊中心等40多个临床医技科室，2024年2月赤岸门诊部合并到崇阳社区卫生服务中心（原云谷门诊部）。是省第二批“全科医师临床教学基地”，“省西医类别助理全科医师培训基地”，福建医科大学、泉州医学高等专科学校、漳州职业卫生学院、厦门医学院等院校的教学医院。

2020年12月，与福建医科大学附属协和医院签订战略合作框架协议，成立陈春美、陈小松、罗育坤、康明强、杨维竹、黄鹤光、魏立新、陈先强等8个名医工作室；2022年7月与南平市第一医院实行两院融合，建立了双派科主任机制，上级医院来院开展了手术指导、远程会诊、学术授课、护理培训、门诊坐诊、义诊等活动。在福建医科大学附属协和医院以及南平市第一医院的帮扶下，我院在行政管理、学科建设、人才梯队建设、医疗技术服务等方面得到较大的提升，各项指标持续向好，为今后武夷新区三甲医院的建设储备力量。

医院拥有先进的原装进口飞利浦256层螺旋CT【ICT】、1.5T核磁共振【MRI】，日本原装进口东芝数字减影血管造影机【DSA】、以色列原装进口科医人超脉冲激光系统整形美容设备、原装进口气压弹道碎石系统，血液透析中心拥有40台进口血液透析设备，可容纳200余名血透患者治疗。中型高压氧舱【可同时容纳14-16人】等先进的医疗设备。有着三甲医院同步的信息化管理系统：HIS、LIS(检验系统)、PACS（影像系统）、电子病历、病案管理系统、合理用药管理系统、财务核算等软件，支持微信、支付宝等便捷移动支付充值方式，实现微信公众号预约就诊，建成超融合双活数据中心，网络安全通过三级等保评测。

医院鼓励医疗人员积极开展科研工作，每年均有2-4项科研课题获得南平市科技局科研立项项目。2010年成为省第二批“全科医师临床教学基地”，2016年成为省西医类别助理全科医师培训基地，2013年--2017年相继成为福建医科大学、泉州医学高等专科学校、漳州职业卫生学院、厦门医学院等院校的教学医院。

医院医疗技术力量雄厚，目前已开展腹腔镜下直肠癌根治术、腹腔镜下胃癌根治术、两镜联合下结肠多发腺瘤切除术、胸腔镜下肺叶修补术，半肝切除术、心内介入治疗、鼓室成型、喉癌根治等三级医院开展的手术项目20余项。心脏血管、肿瘤介入治疗，亚健康筛查，衣原体检查，不育检查，血液透析滤过，血液灌流，腹水浓缩回输，神经内科，心血管内科和血液、内分泌、泌尿、呼吸内科及糖尿病治疗，老年病专科治疗等一系列先进特色治疗项目均取得较好效果。