自建院以来,医院共斩获科研成果324项,其中国家科学进步奖(含全国科技大会奖)43项、部委级成果奖160项,获国家专利90项,发表学术论文12960篇,出版专著242部。自1998年至2018年SCI收录论文2252篇,全院发表在影响因子大于5的期刊(The Lancet《柳叶刀》、The New England Journal of Medicine《新英格兰医学杂志》、Circulation《循环》杂志等)论文306篇。制定了专业指南和个体化治疗方案,共有50余项被AHA/ACC和ESC等国际疾病防治指南采纳,为国际和国内权威指南做贡献。牵头和参与了国家“七五”以来的心血管领域攻关项目126项和“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“国家重点研发计划”等重大项目,获得科研立项1498项。在“十二五”期间,实际到位科研经费达6.78亿元,年均约1.36亿元。近三年,实际到位科研经费达7.98亿元,年均约1.33亿元。2014至2018年,阜外医院连续五年在中国医院科技影响力心血管专科领域排行榜中名列第一名。